Vườn quốc gia Tortuguero ở phía đông bắc của đất nước là nơi rất ẩm ướt và có môi trường sống tự nhiên phong phú bao gồm rừng nhiệt đới, đầm phá, cũng là nơi cư trú của vô số loài động vật. Vườn quốc gia bảo vệ cho loài rùa xanh đến sinh sản đầu mùa hè đến cuối mùa thu hàng năm. Dọc hai bên bờ, rừng cây soi bóng trên mặt nước trong veo, đàn cò nhởn nhơ tìm mồi, đàn cá sấu lười biếng nằm bất động trên cồn cát phơi nắng. Trên cành cây, tiếng chim ríu rít gọi đàn, từng đàn khỉ leo trèo, chuyển động vang cả góc rừng.

Khu dự trữ rừng mây Monteverde rất phong phú với tổng diện tích tới 4 hecta. Khu bảo tồn thú hoang dã này bao gồm 6 hệ sinh thái khác nhau với tổng diện tích là 4 ha. Đi bộ từ cổng vào khu bảo tồn đến ranh giới lục địa bắc và nam Mỹ, du khách sẽ chứng kiến sự thay đổi của hệ sinh thái từ rừng khô ráo cho đến rừng ẩm ướt. Nơi này có khoảng 90% sinh vật sống trong các tán cây, hệ sinh thái phong phú và phức tạp.

Chính quyền Costa Rica đã cho xây cây cầu treo dài hơn 10 cây số để du khách và các nhà nghiên cứu địa chất có thể tham quan và thưởng thức cảnh sắc nơi đây một cách trọn vẹn nhất. Khu bảo tồn Monteverde có khoảng 350 loài chim và 100 loài thú có vú. Khu vườn bướm Monteverde bao gồm một hệ thống nhà lưới và hai khu nhà kính. Khu nhà kính thứ nhất mô phỏng môi trường của các cánh rừng vùng hạ lưu, còn nhà kính thứ hai giống với môi trường rừng vùng trung du. Hai khu nhà kính này chứa đến hàng trăm con bướm nhiệt đới thuộc 40 loài khác nhau.

Công viên quốc gia Manuel Antonio là công viên quốc gia nhỏ nhất Costa Rica, nổi tiếng với các bãi biển đẹp. Khu bảo tồn được bao bọc bởi những bãi cát trắng trải dài theo bờ biển Thái Bình Dương nổi tiếng nhờ sự đa dạng về hệ động thực vật: có đến 184 loài chim và 109 loài thú có vú trú ngụ. Đây là nơi duy nhất trên thế giới du khách có thể tìm thấy loài khỉ Titi ngoài ra còn có các loài giông mào, khỉ và nhiều loài chim rực rỡ sắc màu. Đây là khu vườn quốc gia nhỏ nhất nước nhưng lại có hệ sinh thái vô cùng phong phú và đa dạng nhất thế giới.

Sự tổng hợp hài hòa và nên thơ của rừng núi và biển cả làm nên thiên đường với hệ sinh vật biển đa dạng. Có rất nhiều loài cá lớn nhỏ, hình thù khác nhau sống ở bán đảo Papagayo vì nơi này có lợi thế về hệ sinh thái lý tưởng, du khách có thể thuê thuyền đi câu những con cá khổng lồ dài vài mét ở ngoài khơi xa. Chính phủ Costa Rica đã ra lệnh cấm đánh bắt nên cá và các loài hải sản khác.

Ostional, nơi hàng ngàn rùa đến đó để sinh mỗi năm, rùa là động vật sống dưới nước nhưng lại sinh sản trên bờ, và Ostional là miền đất hứa để chúng đẻ trứng quanh năm, nhất là vào mùa mưa. Một lần rùa sinh từ 80 đến 100 quả trứng, vỏ màu trắng, mềm, kích thước cỡ quả bóng bàn. Vì trứng rùa rất dễ làm đồ ăn ngon cho diều hâu hay những cơn thủy triều cuốn trôi, nên chúng đẻ nhiều để bù vào sự mất mát đó.

Khu vực San Gerardo de Dota có một con thác nước chảy về phía tây, sinh vật dưới nước lẫn trên cạn tập trung sinh sống rất đa dạng. Trong các khu rừng sồi là ngôi nhà lý tưởng của heo, báo đốm và rất nhiều chim muông líu lo. Dưới nước thì có vô vàng các loài cá đủ kích thước, hình dạng lạ mắt. Tự nhiên đã sắp đặt sẵn những con đường bộ hành dài xinh đẹp nên khách đến đây có thể tản bộ xem chim hót, ngắm cá hồi bơi lội hay câu cá.

Khu bảo tồn lười Sloth Sanctuary, một trung tâm có nhiệm vụ bảo vệ các loài thú, có nhiệm vụ cứu giúp, phục hồi và nuôi dưỡng những động vật hoang dã. Trong suốt hơn 20 năm qua, trung tâm đã cứu sống 800 loài vật, chủ yếu là con lười, thú ăn kiến, thú có mai và các loài khác của địa phương. Lười là động vật thường xuyên bị săn bắt nhất. Hàng ngàn con lấy từ rừng, bị đánh thuốc mê, cắt móng, răng để bán ra nước ngoài. Nhờ khu bảo tồn Sloth Sanctuary có nhiều tình nguyện viên sẵn sàng giải cứu các con vật bị ngược đãi và chăm sóc chúng chu đáo, tạo cho các con vật xấu số một mái ấm tự nhiên như nơi chúng từng sống.

Ngoài ra còn có vườn quốc gia nổi tiếng trong giới các nhà sinh thái là Vườn Quốc gia Corcovado. Vườn này cũng là nơi đón nhiều du khách đến xem nhiều loài động vật hoang dã. Khu rừng mưa nhiệt đới, cũng giống như các khu rừng khác của Vườn quốc gia Braulio Carrillo, được coi là những lá phổi của San José, Vườn quốc gia Cahuita nằm trên bờ biển Caribê[1].[2],Công viên quốc tế La Amistad, Khu bảo tồn Guanacaste